Phòng Y tế huyện Tân Yên được thành lập từ năm 1958; thời gian đầu Phòng y tế được thành lập với cơ sở vật chất còn nghèo nàn, lạc hậu; Nhân lực của Phòng Y tế chỉ có y sỹ và y tá chưa có bác sỹ.

Từ năm 1958 – 1993 Phòng Y tế bao gồm Bệnh viện, Đội vệ sinh phòng dịch, đội chăm sóc sức khỏe bà mẹ và trẻ em – Kế hoạch hóa gia đình với nhiệm vụ chính thực hiện công tác chuyên môn về điều trị, sơ cấp cứu cho người dân trên địa bàn huyện, công tác dự phòng và dân số của huyện Tân Yên do Ủy ban nhân dân huyện quản lý.

Năm 1994 Phòng Y tế đổi tên thành Trung tâm Y tế huyện Tân Yên thực hiện nhiệm vụ chăm sóc sức khỏe nhân dân và quản lý nhà nước về y tế trên địa bàn huyện.

Ngày 1/5/2005 Từ Trung tâm Y tế huyện Tân Yên tách ra thành hai đơn vị:

Phòng Y tế với chức năng tham mưu cho Ủy ban nhân dân huyện Tân Yên thực hiện chức năng quản lý nhà nước về y tế.

Trung tâm Y tế trực thuộc Sở Y tế tỉnh Bắc Giang thực hiện nhiệm vụ: Khám chữa bệnh và y tế dự phòng (tiền thân Đội vệ sinh phòng dịch, đội chăm sóc sức khỏe bà mẹ và trẻ em – Kế hoạch hóa gia đình)

Năm 2006 Trung tâm Y tế huyện Tân Yên được tách ra thành: Bệnh viện Đa khoa huyện Tân Yên và Trung tâm Y tế dự phòng huyện Tân Yên.

Bệnh viện Đa khoa huyện Tân Yên được tách ra từ Trung tâm Y tế huyện Tân Yên theo Quyết định số 92/QĐ-UB ngày 06/12/2005 của UBND tỉnh Bắc Giang việc thành lập Bệnh viện Đa khoa huyện Tân Yên. Thời gian đầu bệnh viện gặp rất nhiều khó khăn và thiếu thốn về mọi mặt. Khi mới thành lập bệnh viện chỉ có tất cả 12 khoa/ phòng, số lượng trang thiết bị y tế còn rất thô sơ và lạc hậu, nhân lực bệnh viện còn hạn chế với số lượng cán bộ chỉ có khoảng 17 Y/Bác sỹ, 64 dược sỹ, nữ hộ sinh, Điều dưỡng, KTV.

Sau nhiều năm phát triển và cố gắng không ngừng của tập thể cán bộ nhân viên bệnh viện đã vượt qua được rất nhiều khó khăn từ bệnh viện hạng 3 với trang thiết bị thô sơ, nguồn nhân lực còn nghèo nàn yếu kém, đến nay Bệnh viện đã được được nâng hạng thành bệnh viện hạng II theo quyết định số 2105/QĐ-UBND ngày 23 tháng 11 năm 2015 của Chủ tịch UBND tỉnh Bắc Giang với quy mô 190 giường bệnh. Đây là một thành tựu, là một bước ngoặt, một tầm cao mới trên con đường phát triển của bệnh viện.

Năm 2016 sau khi trải qua chặng đường 10 năm xây dựng và phát triển bệnh viện Đa khoa Tân Yên hiện nay đạt được những thành tựu nhất định:
- Về cơ cấu tổ chức bệnh viện đã thành lập được:
+ 07 Phòng chức năng gồm: Kế hoạch tổng hợp, Điều dưỡng, Tài chính - kế toán, Hành chính - Quản trị, Tổ chức Cán bộ, Quản lý chất lượng và Phòng Vật tư trang thiết bị y tế,
+ 13 khoa lâm sàng và cận lâm sàng gồm: Khoa Cấp cứu - Hồi sức tích cực và chống độc, Khoa Khám bệnh, Khoa Nhi, Khoa Ngoại - Sản, Khoa Liên chuyên khoa, Khoa Nội, khoa Truyền Nhiễm, khoa Y học cổ truyền và Phục hồi chức năng, Khoa xét nghiệm, khoa Chẩn đoán hình ảnh - Thăm dò chức năng, Khoa Dược, Khoa Kiểm soát nhiễm khuẩn và Khoa Dinh dưỡng tiết chế.
- Về nhân lực:
Biên chế của Bệnh viện đến ngày 30/9/2016 là 182 viên chức, trong đó 126 CBVC là nữ chiếm 69,23%. 
Lãnh đạo các khoa, phòng gồm:
+ Trưởng khoa, phòng: 12 đồng chí trong đó 07 đồng chí có trình độ sau đại học còn lại là trình độ đại học;
+ Phó Trưởng khoa, phòng: 16 đồng chí trong đó 05 đồng chí có trình độ sau đại học còn lại là trình độ đại học.
+ Về trình độ chuyên môn: Tỷ lệ bác sỹ có trình độ sau đại học 17/43,  có 13 bác sỹ CKI, 03 thạc sỹ, 01 Bác sỹ Chuyên khoa II, Dược sỹ có trình độ đại học 5/11, Cử nhân điều dưỡng và KTV đại học 30 cán bộ. Trong những năm qua bệnh viện đã tích cực, chủ động trong công tác đào tạo nâng cao trình độ chuyên môn nghiệp vụ ngắn hạn và dài hạn: cử y sỹ, dược sỹ đi học chuyên tu, cử các bác sỹ đi học sau đại học, cử cán bộ đi học kỹ thuật theo Đề án 1816, nên chất lượng chuyên môn kỹ thuật được nâng cao so với thời gian trước đây. Tuy vậy, trình độ chuyên môn của đội ngũ y/bác sỹ còn chưa đồng đều, thiếu nhân lực về các chuyên khoa sâu.
- Về trang thiết bị y tế: Bệnh viện đã trang bị được một số trang thiết bị hiện đại như: Máy chụp X quang kỹ thuật số, máy chụp Cắt lớp vi tính, máy siêu âm mầu 4D, máy xét nghiệm sinh hóa tự động, máy xét nghiệm huyết học tự động....
- Về danh mục kỹ thuật: Bệnh viện đã triển khai được các kỹ thuật mới như chụp cắt lớp vi tính, phẫu thuật lấy thai, phẫu thuật u xơ tử cung, phẫu thuật chửa ngoài tử cung, phẫu thuật kết hợp xương cùng với một số các kỹ thuật khác.

Năm 2019 Trung Tâm Y tế huyện Tân Yên được hình thành dựa trên Quyết định số 794/QĐ-UBND ngày 13/ 12 /2018 của Ủy ban nhân dân tỉnh Bắc Giang về việc thành lập Trung tâm Y tế huyện Tân Yên dựa trên cơ sở tổ chức lại 03 đơn vị là Trung tâm Y tế huyện Tân Yên, Trung tâm Dân số KHHGĐ và Bệnh viện Đa khoa huyện Tân Yên. Trung tâm Y tế huyện là đơn vị sự nghiệp Y tế công lập trực thuộc Sở Y tế Bắc Giang có chức năng cung cấp dịch vụ chuyên môn, kỹ thuật về Y tế dự phòng, khám chữa bệnh, dân số - kế hoạch hóa gia đình; phục hồi chức năng và các hoạt động dịch vụ Y tế khác theo quy định của pháp luật.

Năm 2020 Trung tâm Y tế huyện Tân Yên được giao 230 giường bệnh kế hoạch, khám bệnh cho khoảng 400 lượt người/ngày. Đội ngũ cán bộ y tế được đào tạo chuyên sâu về các chuyên khoa Nội, ngoại, sản, nhi, cấp cứu, y học cổ truyền, phục hồi chức năng, chẩn đoán hình ảnh…

Hiện tại, ngoài những kỹ thuật trước đây Bệnh viện Đa khoa Tân Yên thực hiện được, Trung tâm Y tế Tân Yên đã triển khai phẫu thuật nội soi ổ bụng, phẫu thuật nội soi sản phụ khoa, chạy thận nhân tạo cấp cứu và thận nhân tạo có chu kỳ. Ngoài ra trung tâm đã triển khai các kỹ thuật về chuyên khoa lẻ như phẫu thuật mắt, tai mũi họng, răng hàm mặt. Về công tác Y tế dự phòng: Trung tâm đã triển khai các chương trình y tế quốc gia về phòng chống bệnh tật, triển khai các dịch vụ tiêm chủng, phòng ngừa các bệnh lây nhiễm, vệ sinh môi trường, điều trị Methadon nhằm cai nghiện, cấp thuốc điều trị ngoại trú bệnh nhân HIV/AIDS …