Bệnh viện Đa khoa huyện Yên Dũng  được tách ra từ Trung tâm Y tế huyện Yên Dũng  theo Quyết định số 90/QĐ-UB ngày 06/12/2005 của UBND tỉnh Bắc Giang việc thành lập Bệnh viện Đa khoa huyện Yên Dũng.
 
Thời gian đầu bệnh viện gặp rất nhiều khó khăn và thiếu thốn về mọi mặt. Khi mới thành lập bệnh viện số lượng trang thiết bị y tế còn rất thô sơ và lạc hậu, nhân lực bệnh viện còn hạn chế với số lượng cán bộ với trình độ thấp Y/Bác sỹ, y tá, dược sỹ trung học và sơ cấp, rất ít cán bộ có trình độ đại học. Sau khi trải qua chặng đường 12 năm xây dựng và phát triển bệnh viện Đa khoa Hiệp Hòa hiện nay đạt được những thành tựu nhất định:
- Về cơ cấu tổ chức bệnh viện đã thành lập được:
+ 05 Phòng chức năng gồm:Kế hoạch tổng hợp,Điều dưỡng, KT-TC, TC-HC, Quản lý chất lượng BV.
+ 10 Khoa Lâm sàng gồm:Khoa CC-HSTC-CĐ; Khoa; khoa Ngoại tổng hợp, khoa Nội TH; khoa Truyền Nhiễm, khoa Y học cổ truyền, khoa VLTL-PHCN; khoa Phụ-Sản, khoa Khám bệnh, khoa Liên chuyên khoa; khoa Nhi.
+ 04 Khoa Cận lâm sàng gồm: Khoa Chẩn đoán hình ảnh - Thăm dò chức năng ; Khoa  Xét nghiệm; Khoa Kiểm soát nhiễm khuẩn; Khoa dược.
- Về nhân lực:
Biên chế của Bệnh viện đến tháng 5/2017 là 170 viên chức, trong đó 108 CBVC là nữ chiếm 6,4%.  
Ban Giám đốc gồm 03 đồng chí trong đó: 01 Giám đốc có trình độ bác sĩ CKII; 02 đồng chí Phó Giám đốc có trình độ bác sĩ CKI.
Lãnh đạo các khoa, phòng gồm:
+ Trưởng khoa, phòng: 19 đồng chí trong đó 05 đồng chí có trình độ sau đại học còn lại là trình độ đại học;
+ Về trình độ chuyên môn: Tỷ lệ bác sỹ có trình độ sau đại học 12/41,  có 11 bác sỹ CKI; bác sỹ 29  Dược sỹ có trình độ đại học 5, Cử nhân điều dưỡng 17 và KTV đại học 4 cán bộ. Trong những năm qua bệnh viện đã tích cực, chủ động trong công tác đào tạo nâng cao trình độ chuyên môn nghiệp vụ ngắn hạn và dài hạn: cử y sỹ, dược sỹ đi học chuyên tu, cử các bác sỹ đi học sau đại học, cử cán bộ đi học kỹ thuật theo Đề án 1816, nên chất lượng chuyên môn kỹ thuật được nâng cao so với thời gian trước đây. Tuy vậy, trình độ chuyên môn của đội ngũ y/bác sỹ còn chưa đồng đều, thiếu nhân lực về các chuyên khoa sâu.
- Về trang thiết bị y tế: Hiện nay bệnh viện đã trang bị được một số trang thiết bị hiện đại như: Hiện tại bệnh viện có máy chụp X.quang số hóa, máy siêu âm mầu 4D, máy nội soi tiêu hóa, máy nội soi TMH, máy xét nghiệm sinh hóa tự động….
- Về danh mục kỹ thuật hiện nay bệnh viện đã triển khai được các kỹ thuật mới như:  phẫu thuật lấy thai, phẫu thuật u xơ tử cung, phẫu thuật chửa ngoài tử cung, phẫu thuật kết hợp xương cùng với một số các kỹ thuật khác, trong thời gian tới đây bệnh viện đang chuẩn bị triển khai phẫu thuật nội soi trong sản khoa.
Sau 12 năm phát triển và cố gắngkhông ngừng của tập thể cán bộ nhân viên bệnh viện đã vượt qua được rất nhiều khó khăn từ bệnh viện hạng 3 với trang thiết bị thô sơ, nguồn nhân lực còn nghèo nàn yếu kém, đến nay Bệnh viện đã được được nâng hạng thành bệnh viện hạng II theo quyết định số /QĐ-UBND ngày    tháng     năm 2015 của Chủ tịch UBND tỉnh Bắc Giang với quy mô 190 giường bệnh. Đây là một thành tựu, là một bước ngoặt, một tầm cao mới trên con đường phát triển của bệnh viện.
Trong thời gian tới Bệnh viện Đa khoa huyện Yên Dũng phát triển không ngừng, cải tiến chất lượng bệnh viện, góp phần nâng cao chất lượng chăm sóc và điều trị người bệnh xứng đáng là một địa chỉ tin cậy cho nhân dân trong toàn huyện và những vùng lân cận.